Pada tahun 1975 dibawah naungan Direktorat Instalasi Kesehatan Dit. Jenderal Pelayanan Kesehatan Departemen Kesehatan RI atas bantuan Word Health Organisation (WHO), Pelayanan Monitoring Dosis Radiasi Perorangan mulai dilakukan yang pada saat itu bernama Film Badge Service.

Pada tahun 1983/184 sudah ada 2 (dua) orang staf elektro medik, namun pelayanan kalibrasi alat kesehatan masih dilakukan di Direktorat Instalasi Medik, dan nama Film Bdage Service sudah berubah menjadi Balai Pemeliharaan Peralatan Proteksi Radiasi dan Kalibrasi (BP3K) yang sudah menjadi embrio dari Balai Pengamanan Fasilitas Kesehatan.

Tahun 1989/1990 BPF3K menempati gedung di Jl. Percetakan Negara 23 A  Jakarta Pusat, dengan jumlah pegawai dan peralatan yang semakin berkembang.

Tahun 1993 BP3K dan berubah nama menjadi Balai Pengamanan Fasilitas Kesehatan (BPFK) dengan anggaran yang dikelola sendiri.

Pada tanggal 3 Agustus 2000 terbit Keputusan Menteri Kesehatan RI No. 1164/MENKES/SK/VIII/2000 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pengamanan fasilitas Kesehatan Jakarta, pelayanan kalibrasi alat kesehatan mulai dilaksanakan.

Pada tanggal 27 April 2007 terbit Peraturan Menteri Kesehatan RI No. 530/MENKES/PER/IV/2007 tentang Organisasi dan tata Kerja Balai Pengamanan fasilitas Kesehatan.

Di  Tahun 2009 Laboratorium Kalibrasi terakreditasi oleh Komite Akreditasi nasional (KAN), dan tahun 2010 Laboratorium Pengujian Pemantauan Dosis Radiasi Perorangan juga terakreditasi Komite Akreditasi nasional (KAN)

Pada tanggal 22 November 2011 terbit Peraturan Menteri Kesehatan RI No. 2351/MENKES/PER/2011 tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Kesehatan RI. No.530/MENKES/PER/IV/2007 tentang Organisasi dan tata Kerja Balai Pengamanan fasilitas Kesehatan.

Pada tanggal 26 Oktober 2020 terbit Peraturan Menteri Kesehatan RI No.61 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Pengamanan Fasilitas Kesehatan sebagai bentuk penyesuaian atas Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 2351/Menkes/Per/XI/2011 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 530/Menkes/Per/IV/2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pengamanan Fasilitas Kesehatan.

Pada tanggal 16 Agustus 2023 Balai Pengamanan Fasilitas Kesehatan (BPFK) Jakarta memperoleh nama dan klasifikasi baru dalam naungan Direktorat Jenderal Kefarmasian dan Alat Kesehatan Kementerian Kesehatan, menjadi Balai Pengamanan Alat dan Fasilitas Kesehatan (BPAFK) Jakarta, yang tertuang pada Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 28 Tahun 2023 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Pengamanan Alat dan Fasilitas Kesehatan, sekaligus mencabut Peraturan sebelumnya.

Tugas & Fungsi BPFK sesuai dengan Peraturan Menteri Kesehatan RI Nomor  28 Tahun 2023

Tugas (Pasal 4) :

1. UPT Bidang PAFK mempunyai tugas melaksanakan pengamanan alat dan fasilitas kesehatan.
2. Selain melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada ayat (1), UPT Bidang PAFK juga mendukung pelaksanaan tugas dari unit organisasi jabatan pimpinan tinggi madya yang berkesesuaian di lingkungan Kementerian Kesehatan setelah mendapat persetujuan dari Direktur Jenderal
   

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4, UPT Bidang PAFK menyelenggarakan fungsi:

1. Penyusunan rencana, program, dan anggaran;
2. Pelaksanaan uji produk alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga;
3. Pengujian dan/atau kalibrasi alat kesehatan;
4. Kalibrasi alat ukur standar;
5. Pengujian produk perbekalan kesehatan rumah tangga;
6. Pengamanan radiasi dan pengukuran luaran radiasi;
7. Inspeksi sarana produksi, sarana distribusi, dan sarana penguji alat kesehatan;
8. Inspeksi sarana produksi dan sarana distribusi perbekalan kesehatan rumah tangga;
9. Inspeksi sarana dan prasarana fasilitas kesehatan;
10. Pengendalian mutu layanan pengujian alat dan fasilitas kesehatan;
11. Pelaksanaan bimbingan teknis;
12. Pelaksanaan kerja sama;
13. Pengelolaan data dan informasi;
14. Pemantauan, evaluasi, dan pelaporan; dan
15. Pelaksanaan urusan administrasi UPT Bidang PAFK.
    

Visi  : "Menjadi Pusat Layanan Pengamanan Fasilitas Kesehatan di Indonesia"

Misi :

1. Memberikan Pelayanan Pengamanan Fasilitas Kesehatan melalui pengujian, kalibrasi dan inspeksi yang akurat, terpecaya, komprehensive dengan teknologi terkini;
2. Memberikan bimbingan teknis dan peningkatan kompetensi personel di bidang pelayanan pengamanan fasilitas kesehatan;
3. Mewujudkan tata kelola balai yang transparan dan akuntabel;